Cependant, le Modèle Standard est une théorie incomplète car il n'explique pas entièrement la nature du monde:
Les quarks et les leptons sont-ils vraiment élémentaires, ou sont-ils eux-mêmes constitués de quelque chose de plus élémentaire ?
Pourquoi le Modèle Standard ne peut-il prédire la masse d'une particule ?
D'après notre expérience, il devrait y avoir une quantité équivalente de matière et d'antimatière dans l'univers; alors pourquoi avons-nous constaté que l'univers est principalement fait de matière ?
Comment l'interaction gravitationnelle peut-elle s'intégrer dans le Modèle Standard ?
Nous savons qu'il doit y avoir beaucoup plus de matière dans l'univers que ce que nous observons. Quelle est cette matière noire invisible ?
Ces questions poussent les physiciens à construire et exploiter d'autres accélérateurs plus performants, de façon à ce que des collisions de toujours plus haute énergie fournissent des réponses à ces questions.