Le raisonnement que fit Rutherford est que la majorité des particules alpha a facilement traversé la partie externe de l'atome, mais que quelques-unes ont rebondi sur quelque chose de petit, dense et de charge positive à l'intérieur de l'atome.
Bien que cela contredise l'hypothèse des atomes élémentaires, ces résultats lui ont permis d'émettre une nouvelle hypothèse : les atomes possèdent un constituant, le noyau. Ce nouveau modèle, qui explique les résultats, est la clé de voûte du développement de la théorie atomique moderne.
La Route du Modèle Standard donne une explication du modèle atomique en considérant les particules subatomiques.